La actividad investigadora del Instituto de Investigación Sanitaria La Fe viene estructurada en torno a los Grupos Acreditados de Investigación, Grupos integrados en CIBER, RETICs, y Unidades Mixtas con otros Centros de Investigación de excelencia. La "acreditación" es una iniciativa singular puesta en marcha en el año 2007. Los grupos se someten a un riguroso proceso de evaluación externa donde presentan sus Planes Estratégicos con los intereses temáticos comunes, sus programas formativos y docentes, estabilidad económica para garantizar su continuidad y la integración de investigación básica y clínica. Inherente por tanto a todo grupo acreditado es la traslacionalidad de la investigación y su voluntad de contribuir a una mejora del proceso diagnóstico, terapéutico y pronóstico. La acreditación se otorga por el Instituto de Salud Carlos III (ISCIII) como aval de la calidad de la investigación que se realiza en el Instituto de Investigación Sanitaria La Fe.
En los últimos cinco años el IIS La Fe ha publicado más de 1.800 trabajos científicos, lo que lo convierte en el octavo centro del país en actividad investigadora. Resaltar en este hecho el factor de impacto bibliográfico, la calidad de las revistas y el número de citaciones recibidas, que a lo largo de 2009 fue de 2.800. Destaca en este año el incremento de publicaciones en los primeros cuartiles, con un 40% en el 1er cuartil y un 22% en el 2o cuartil.
Esta apuesta por la excelencia ha impulsado al Instituto de Investigación Sanitaria La Fe a acreditarse con Normas de Calidad Internacional. En estos momentos, está certificada bajo Normas de Calidad ISO 9001 el área de Ensayos Clínicos en su parte de gestión y administración CEIC. Por su parte, la Unidad Analítica se ha acreditado bajo los estándares de calidad ISO 9001 y Buenas Prácticas de Laboratorio (BLP), lo que convierte al Hospital Universitari i Politècnic La Fe en el primer centro hospitalario de España en tener una unidad bioanalítica certificada de acuerdo a dichos estándares internacionales de calidad.