El Hospital Universitari i Politècnic La Fe ha sido un centro pionero en investigación desde su creación, ya que fue uno de los primeros de España en contar con una unidad  singular de investigación asociada al Hospital. En 1973 se crea el Centro de Investigación del Hospital La Fe, con una plantilla de 20 facultativos dedicados en exclusiva a la investigación biomédica.

Orientado inicialmente hacia aspectos biomédicos básicos, este embrión del IIS La Fe fue un elemento propulsor de gran importancia, ya que ponía a disposición de los investigadores instalaciones y equipos de apoyo para el desarrollo de sus proyectos de investigación.

En los años posteriores la actividad investigadora del Hospital se fue consolidando con el creciente trabajo de grupos y unidades clínicas, en una doble vertiente asistencial e investigadora que se complementaba con una activa labor docente (pregrado, postgrado especializado, formación continua, enfermería…)

Tras la puesta en marcha del proyecto “Nuevo Hospital La Fe” y con motivo de la nueva ordenación del mapa sanitario se realizó el primer Plan Estratégico de Investigación. Como consecuencia del mismo se ponía en marcha en el año 2002 la Fundación para la Investigación del Hospital La Fe que, gracias al Acuerdo Marco suscrito con la Conselleria de Sanitat, se dotaba de soporte jurídico para impulsar la creación de instrumentos de gestión integral de la investigación y los recursos resultantes de la misma en el Departamento de Salud.

Como parte de la estrategia para fomentar la investigación biomédica del Hospital y de su área de influencia, el IIS La Fe ha potenciado la firma de acuerdos de colaboración y convenios de cooperación con otras instituciones, como el formalizado con la Universidad de Valencia y la Universidad Politécnica en 2003; con el Consejo Superior de Investigaciones Científicas en 2004; y con el Centro de Investigación Príncipe Felipe en 2005.

La sólida trayectoria en investigación de excelencia del Instituto de Investigación Sanitaria La Fe ha sido avalada por el Instituto de Salud Carlos III, dependiente del Ministerio de Ciencia y Tecnología, que le ha otorgado la acreditación como “Instituto de Investigación Sanitaria”, lo que supone el reconocimiento a la producción científica de vanguardia en el Hospital Universitari i Politècnic La Fe.