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El Instituto de Investigación Sanitaria La Fe (IIS La Fe) es una entidad sin ánimo de lucro que gestiona la política científica y la investigación del Hospital Universitario y Politécnico La Fe de Valencia y de su área de influencia (Departamento de Salud Valencia-La Fe).
 
Entre sus objetivos principales destaca impulsar, promover y fomentar la investigación de excelencia, el conocimiento científico y tecnológico y su posterior traslación al sector productivo, así como la docencia y la formación en el Hospital y en los centros de Atención Primaria que forman parte del Departamento.
 
El IIS La Fe fue pionero en lograr la acreditación como Instituto de Investigación Sanitaria, reconocimiento que otorga el Ministerio de Ciencia e Innovación a través del Instituto de Salud Carlos III. En 2014 renovó esta acreditación tras superar una nueva y exigente evaluación de calidad en la que se comprobó el grado de integración de las entidades y grupos de investigación que conforman el instituto, su estructura organizativa y sistema de gestión, el grado de cumplimiento de los objetivos estratégicos, los criterios de calidad y eficiencia en I+D+i, el fomento de la investigación de calidad y la innovación y el plan de formación de la institución.
 
El Instituto está compuesto por 26 Grupos de Investigación Acreditados del Hospital La Fe, 10 Unidades Mixtas y otros 14 Grupos de Investigación. Además, sus investigadores se integran en redes y consorcios; concretamente, en 6 Cibers y 10 Retics.
 
El personal investigador vinculado al IIS La Fe ha publicado en 2016 un total de 697 artículos en revistas científicas indexadas. El número de citaciones de la totalidad de artículos publicados por el IIS La Fe durante su trayectoria de investigación alcanza las 11.600.
 
El IIS La Fe cuenta con una plantilla 278 profesionales con vinculación laboral y 20 becarios en formación.
 
Además, el centro, dentro de su apuesta por la excelencia, está acreditado con Normas de Calidad Internacional. En estos momentos, el IIS La Fe tiene certificado, según Norma UNE 166.002, su Sistema de Gestión de la I+D+i. Así mismo, está certificada bajo Normas de Calidad ISO 9001 el área de Ensayos Clínicos en su parte de gestión y administración CEIC. Por su parte, la Unidad Analítica se ha acreditado bajo los estándares de calidad ISO 9001 y Buenas Prácticas de Laboratorio (BLP), lo que convierte al Hospital Universitari i Politècnic La Fe en el primer centro hospitalario de España en tener una unidad bioanalítica certificada de acuerdo a dichos estándares internacionales de calidad.