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El Instituto de Investigación Sanitaria La Fe (IIS La Fe) es una entidad sin ánimo de lucro que gestiona la política científica y la investigación del Hospital La Fe de Valencia y de su área de influencia (Departamento de Salud Valencia La Fe). 
Entre sus objetivos principales destaca impulsar, promover y fomentar la investigación de excelencia, el conocimiento científico y tecnológico y su posterior traslación al sector productivo, así como la docencia y la formación en el Hospital y en los centros de Atención Primaria que forman parte del Departamento.
El IIS La Fe fue pionero en lograr la acreditación como Instituto de Investigación Sanitaria, reconocimiento que otorga el Ministerio de Ciencia e Innovación a través del Instituto de Salud Carlos III. En 2014 se ha renovado esta acreditación tras superar una nueva y exigente evaluación de calidad en la que se comprobó el grado de integración de las entidades y grupos de investigación que conforman el instituto, su estructura organizativa y sistema de gestión, el grado de cumplimiento de los objetivos estratégicos, los criterios de calidad y eficiencia en I+D+i, el fomento de la investigación de calidad y la innovación y el plan de formación de la institución.
El Instituto está compuesto por 20 Grupos de Investigación Acreditados del Hospital La Fe, 7 Unidades Mixtas y otros 13 Grupos de Investigación. Además, sus investigadores se integran en redes y consorcios; concretamente, en 5 Cibers y 14 Retics.
El personal investigador vinculado al IIS La Fe ha publicado en 2014 un total de 617 artículos en revistas científicas indexadas, de los que un 26,9 % corresponden a revistas en el 1er decil de su categoría, porcentaje que aumenta hasta el 46,8 % si se suman las del 1er cuartil. Asimismo, el número de citaciones se acerca a las 9.800.
El IIS La Fe cuenta con una plantilla 164 profesionales con vinculación laboral y 15 becarios en formación.
Además, el centro, dentro de su apuesta por la excelencia, está acreditado con Normas de Calidad Internacional. En estos momentos, está certificada bajo Normas de Calidad ISO 9001 el área de Ensayos Clínicos en su parte de gestión y administración CEIC. Por su parte, la Unidad Analítica se ha acreditado bajo los estándares de calidad ISO 9001 y Buenas Prácticas de Laboratorio (BLP), lo que convierte al Hospital Universitari i Politècnic La Fe en el primer centro hospitalario de España en tener una unidad bioanalítica certificada de acuerdo a dichos estándares internacionales de calidad.